Des activistes armés militant sous le nom d'Alliance de libération des animaux (ALA) ont pris d'assaut un institut de recherche biologique dans lequel était détenue une femelle chimpanzé sur le point de mettre bas. Curieusement, cette dernière a donné naissance à un humanzee, un hybride mi-humain mi-chimpanzé, qui est baptisé Charlie. Quinze ans ont passé. Charlie, élevé par des parents humains, doit à présent entrer au lycée et il y fait la connaissance d'une jeune fille, Lucy.
Mais les activistes de l'ALA, devenus plus extrémistes que jamais, projettent d'amener Charlie à rallier leur groupe terroriste !