Amérique du sud, décembre 1801. L'explorateur Alexander von Humboldt capture le Marsupilami, une créature totalement inconnue, tout en s'emparant de trois de ses oeufs. Sa trouvaille exceptionnelle, apportée au musée d'Histoire naturelle de Berlin, y sera pourtant négligée puis totalement oubliée... C'est là, en 1931, que Mimi, une petite fille de 7 ans, va faire la rencontre du Marsupilami. Ensemble, ils vont mettre Berlin sens dessus dessous ! Mais surtout : ils vont tenter de retrouver les oeufs du Marsu disparus dans la grande ville...